現象：

VMware Fusion で仮想マシンをコピーし、一度起動させた後に仮想マシンのフォルダ名を変更すると、

この仮想マシンは使用中の可能性があります。
この仮想マシンが使用中である場合、「所有権を取得」ボタンを押して、所有権を取って下さい。そうでなければ、「キャンセル」ボタンを押して、損傷が発生するのを回避して下さい。

と表示される。

そこで、「所有権を取得」ボタンをクリックすると今後は、

この仮想マシンの所有権を取ることに失敗しました。
この仮想マシンはホストコンピュータのアプリケーションで使用されています。

という警告メッセージが出て起動できなくなる。

原因の想像：

仮想マシンをコピーして起動すると、「移動」なのか「コピー」なのか尋ねてくるが、回答後に ロックファイルか何かのファイルに情報を書くのではないか、そしてその情報と一致しなくなったため発生しているのではないかと想像しています。

解決策：

修復方法が分からないので、再度コピーして、仮想マシンのフォルダ名を先に変更してから、仮想マシンを起動させました。

この順序ならば問題は発生しませんでした。

追伸：

2013/07/25：同じことをやってみたのですが、何度やってみても全く発生せずに正常に起動できます。
そこで、仮想マシン起動時と停止時でファイルを比較してみました。

仮想マシン起動時

仮想マシンを起動すると、以下の名前の３種類のロックフォルダが作成され、その中にロックファイルが作成されていました。

• 数字.vmem.lck
• 仮想マシン名.vmx.lck
• 仮想ディスク.vmdk.lck

仮想マシン正常終了時

仮想マシンを終了するとロックフォルダごとなくなっていました。

障害が出た仮想マシンは削除してしまったので確認できませんが、おそらくこのロックファイルが残ってしまったのではないかと推測しています。
今度現象が出たら、このロックフォルダごと削除してみようと思います。